Selvom probiotika anses for at være gavnlige for helbredet, kan den første indtagelse af disse mikroorganismer for nogle mennesker forårsage en række ubehagelige symptomer. Når de første gang tager probiotika, kan nogle mennesker opleve symptomer som oppustethed, diarré, hovedpine, feber, muskelsmerter, hjernetåge og muligvis angst. Disse symptomer menes at være en reaktion på ændringer, der forekommer i kroppen, såsom bortfald af potentielle patogener eller reaktivering af tarmresponser, et fænomen, der nogle gange omtales som "Herxheimer-reaktionen".
Herxheimer-reaktionen er en indledende reaktion, der normalt indikerer, at kroppen tilpasser sig et nyt mikrobielt miljø. Dette kan skyldes, at probiotika interagerer med det eksisterende mikrobielle samfund, hvilket forårsager bakteriens død eller frigivelse af metabolitter, der udløser disse symptomer. Selvom det er ubehageligt, er denne reaktion normalt kortvarig og aftager hurtigt. Det kan opfattes som en del af kroppens proces med homeostase.
Dette påvirker normalt kun et lille antal mennesker, hvor symptomerne er milde og normalt kun varer fra et par dage til et par uger. Hvis disse symptomer gør dig utilpas, kan du reducere din dosis eller stoppe med at bruge den i et par dage, før du prøver igen; hvis disse symptomer vedvarer i mere end et par uger, skal du stoppe med at bruge det; hvis du har åndenød, stram hals, nældefeber eller andre allergiske reaktionssymptomer, skal du straks stoppe med at bruge det. For at mindske muligheden for bivirkninger, især for dem med følsomt fordøjelsessystem, er det klogt at starte med en lille mængde probiotika og derefter øge dosis over et par uger.
Probiotika skal bruges med særlig forsigtighed hos personer med alvorlige immundefekter, da indtagelse af probiotika i sjældne tilfælde kan føre til infektion. Dette skyldes, at immunsystemet ikke effektivt kan kontrollere spredningen af mikroorganismer i kroppen, hvilket forårsager risikoen for infektion.
Nogle mennesker kan have allergiske reaktioner på visse typer probiotika, især gær, der er relateret til Saccharomyces boulardii. Andre typer probiotika, såsom lactobaciller, udløser generelt ikke allergiske reaktioner.
Nogle probiotika kan producere histamin i fordøjelseskanalen. Overdreven histaminfrigivelse kan forårsage symptomer som kløe, øget tåreproduktion, løbende næse, åndedrætsbesvær, rødme og hævelse, især for dem med histaminintolerance. Undgå disse probiotiske stammer for at forhindre ubehag.