Der er ni udfordringer at fokusere på, når man indarbejder probiotika i fødevarematricer. De er: 1. stammeudvælgelse, 2. stammeproduktion, 3. hvordan man poder mad, 4. hvordan man sikrer overlevelse under forarbejdning, 5. hvordan man undgår tab af levedygtighed under opbevaring, 6. hvordan man beregner [Probiotika] Koloniantal, 7. Virkninger på fødevaresensoriske egenskaber, 8. [Bevarelse af produktet] stabilitet i forbrugernes hjem, 9. Og spille en rolle i mave-tarmkanalen.
Specifikt i juice bringer organiske syrer ofte produktets pH under 4, hvilket vil hæmme overlevelsen af probiotika. Ved udvælgelse bør de probiotika, der tåler lav pH, overvejes, såsom Lactobacillus over Bifidobacterium.