Efter at præbiotika er spist, går de direkte til tyktarmen, hvor de fermenteres af coliforme bakterier til energiudnyttelse og producerer kortkædede fedtsyrer SCFA, hovedsageligt eddikesyre, propionsyre og smørsyre samt mælkesyre og gas. [6]
(1) Syreproduktion
De organiske syrer, der genereres af tarmfloraen, metaboliserer mad på den ene side kan give den energi, som menneskekroppen har brug for, på den anden side kan den reducere pH-værdien i tarmkanalen og danne et miljø, der ikke er befordrende for overlevelsen af patogene bakterier og derved effektivt hæmme tarmkorruption og forbedring. Absorptionshastigheden af mineralske elementer, fremmer intestinal peristaltik og letter afføring. Generelt producerer Lactobacillus kun mælkesyre, mens Bifidobacterium hovedsageligt producerer eddikesyre og en lille mængde mælkesyre. Efter at præbiotika metaboliseres af tarmfloraen, genereres der også en stor mængde organiske syrer, hvilket vil sænke tarmens pH [7]. Blandt dem havde galacto-oligosaccharid og lactulose den største syreproduktion, og inulin havde den mindste syreproduktion. Produktionen af forskellige organiske syrer efter præbiotika metaboliseres er: eddikesyre LACT, GOS, SOS>FOS, IMO, XOS>Inulin; mælkesyre GOS, SOS>XOS, IMO, LACT>FOS, Inulin; propionsyre LACT, Inulin , XOS, FOS>SOS, COS>IMO. [6]
2) Gasproduktion
Ud over bifidobakterier og lactobaciller i den menneskelige tarmkanal kan næsten al anden flora producere gas, hvilket får menneskekroppen til at opleve forskellige grader af flatulens og prutning. Efter præbiotika metaboliseres af tarmfloraen, kan der produceres en vis mængde gasser som CO2, H2 og CH4. Vent. På grund af forskellen i glykosidbinding og sammensætning vil forskellige præbiotika blive anvendt af forskellige typer gasproducerende bakterier, og den producerede gas vil være anderledes. Rycroft et al. sammenlignede den samlede gasproduktion af forskellige præbiotika gennem in vitro-eksperimenter og fandt ud af, at isomaltooligosaccharider og galactooligosaccharider er præbiotika med den mindste samlede gasproduktion, mens inulin er den med den største samlede gasproduktion (se billede 3). Derudover gennemførte Oku et al. [klinisk verifikation af hydrogenproduktionen af tre præbiotika, oligofructose, oligofructose og isomaltooligosaccharid. Uanset kostdosis på 10 g / d eller 20 g / d producerede al oligomere fruktose den største mængde hydrogengas, mens isomaltooligosaccharider producerede den mindste mængde hydrogengas.