De sundhedsmæssige fordele ved probiotika er ikke kun relateret til de anvendte stammer, men også tæt forbundet med doseringen. Videnskabelig forskning viser, at probiotika kun kan kolonisere, formere sig og udøve regulerende virkninger i tarmen, når de indtages i tilstrækkelige mængder. Dette giver dem mulighed for at forbedre tarmmikrobiota, fremme fordøjelsen og optagelsen af næringsstoffer eller forbedre immuniteten. Den effektive dosis varierer dog afhængigt af stammen. For eksempel kan nogle stammer give positive effekter ved et dagligt indtag på blot et par hundrede millioner levende celler, mens andre kræver større mængder for at opnå mærkbare fordele.
For den samme stamme, inden for et vist område, er det generelt mere sandsynligt, at en højere dosis giver betydelige sundhedsmæssige fordele end en lavere dosis. Det betyder dog ikke, at "mere altid er bedre." Overskridelse af den anbefalede dosis vil ikke kontinuerligt forstærke virkningen og kan endda føre til spild eller i nogle tilfælde øge risikoen for mave-tarmgener.
Desuden, fordi forskellige stammer har forskellige egenskaber og virkningsmekanismer, indikerer blot en sammenligning af antallet af levende celler i et produkt ikke dets samlede effektivitet. En mere videnskabelig måde at evaluere probiotisk effektivitet på er at henvise til klinisk dokumentation, der understøtter den specifikke stamme, snarere end kun mængden. Når forbrugerne vælger produkter, bør de fokusere på stammer med kliniske forskningsdata og autoritativ certificering og vælge dem, der passer til deres individuelle behov i stedet for blindt at forfølge høje doser eller et rent antal levende bakterier.